환경영향평가심의위원회의 운영규정은 법적인 효력이 없어 조례로 격상해야 하고 평가위원들의 전문성도 강화할 필요가 있다는 분석이다.

민선5기 인수위는 제주특별자치도가 지난 2009년 4월3일 자체적으로 만든 '환경영향평가심의위원회 운영규정은 내부지침으로 법적 효력이 없는 훈시규정이라고 지적하고 심의를 주도할 심의위원회 위원장의 권한이 명시돼 있지 않는 등 심의가 사업승인을 위한 통과의례로 운영되고 있다는 문제를 지적했다.

인수위원회는 이로 인해 제주해군기지 건설사업 환경영향평가 1차 심의가 지난 2009년 9월23일 개최돼 심의보류(보완 후 심의)로 심의 결과가 나왔지만, 3일 후인 9월26일에 2차 심의를 열고 서둘러 '보완동의'로 결정하는 우를 범했다는 분석이다.

따라서 통합평가심의위원회의 설치근거인 특별법과 조례 개정이 필요하고 환경영향평가심의위의 규정을 조례로 격상할 것과 위원의 전문성 강화를 주문했다.

특히 제척 기피 회피제도의 강화 및 사후관리 체계도 강화할 필요가 있음을 제기하고 있다.

인수위는 지난 2008년 3월 '환경.교통.재해 등에 관한 영향평가법 개정으로 교통영향가는 도시교통정비촉진법, 재해영향평가는 자연재해대책법, 종전의 대기 수질 토양 식생 등의 영향평가는 환경영향평가법의 영역에 포함돼 있다고 지적하고 제주특별자치도는 지난 2009년경부터 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제299조 제2항,제주특별자치도 통합조례를 사실상 해체했다고 언급했다.

따라서 환경영향평가심의위원회(청정환경국 소관) 교통영향분석.개선대책심의위원회(문화교통관광국) 사전재해영향평가검토위원회(도시건설방재국) 등 3개 위원회로 독립,운영되고 있다는 것인데 그 결과 통합영향평가 대상사업의 범위가 3개 법률에 의해 나뉘어지고 또 평가방법도 달라졌고 통합평가심의위원회의 존치 근거인 특별법 및 조례 개정이 뒤따라야 함에도 1년 이상 방치된 문제점을 지적했다.

인수위는 통합평가심의위의 현행 분과위 3개 중 교통영향평가분과위는 교통영향분석.개선대책심의위로, 재해영향평가분과위는 사전재해영향평가검토위로의 개명이 시급하다는 대안을 내놓았다.

또한 분과위의 심사대상 범위도 '도시교통정비촉진법' '자연재해대책법'의 평가대상 사업으로 축소, 한정시키도록 현행 통합영향평가조례를 개정해야 한다고 지적하고 있다.

특히 영향평가위의 심의결과가 도민의 신뢰를 얻기 위해서는  절차 및 내용의 정당성 확보 차원에서 현행 운영규정을 조례로 격상시킬 것을 주문했다.

이와 함께 위촉직 위원의 전문성을 강화하되 제척.기피.회피제도를 강화, 공정성을 확보하고 사후관리 강화를 위해 해당 조례를 개정, 사업자로 하여금 환경영향평가법 제23조 제3항과 관련한 관리책임자를 국가기술자격법 제2조 제3호에 따른 국가기술자격 직무분야 중 환경직무분야 기술사 또는 기사로 지정하도록 강제하는 규정이 필요하다고 제시했다.