제주도교육청은 예산집행의 투명성을 높이기 위해 본청 팀장이하 직원 168명 전원에 대해 회계시스템의 지출장부조회 권한을 확대 부여했다.
이는 종전 각 부서의 요청에 의해 해당 업무 담당자에게만 시스템의 권한을 부여하던 것을 일괄 확대 부여함으로써 소관 사업뿐만 아니라 본청 전체 사업에 대한 지출 상세내역을 조회할 수 있게 했고, 이로써 예산집행에 대한 불필요한 불신을 없애고 내부 감시기능을 강화했다.
또한, 교육청과 소속기관, 학교 예산의 부당한 집행 및 낭비 사례를 신고할 수 있도록 홈페이지 예산낭비신고센터(전자민원창구/클린제주교육 신고방 내)을 운영하여 예산 낭비를 방지하고자 노력하고 있다.
도교육청은 이번 본예산 편성 시에는 예산편성단가를 실정에 맞도록 하기 위해 2012년도 교육비특별회계 및 학교회계 예산편성기준 마련 시 다양한 의견을 수렴한 후 검토.반영할 예정이다